L'intestino non ha a che fare solamente con la digestione, quest'organo gioca infatti un ruolo fondamentale anche nel sistema immunitario. Al momento della nascita il tratto gastrointestinale è sterile, ma sviluppa rapidamente una microfolora intestinale che varia in base a fattori come il tipo di parto, l'alimentazione, l'uso di antibiotici, la dieta, l'età. Il ruolo della microflora batterica si riassume in tre principali funzioni: metabolica, trofica, e protettiva.
La funzione metabolica: consiste nella fermentazione del residuo dietetico non digeribile e del muco prodotto nell'intestino; comprende anche il recupero dell'energia sotto forma di acidi grassi a catena corta e la produzione di vitamina K.
La funzione trofica: comprende il controllo della proliferazione delle cellule epiteliali, lo sviluppo e l'omeostasi del sistema immunitario.
La funzione protettiva: è l'effetto barriera contro gli agenti patogeni.
